La Agencia ejerce las siguientes funciones:
 
La programación, ejecución y explotación de obras de abastecimiento, saneamiento, depuración, regadíos,..
 

La ejecución y explotación de obras de titularidad del Estado que éste pueda delegarle o encomendarle.
 

La ordenación y protección de los recursos hídricos competencia de Castilla-La Mancha.
 

El ejercicio de las competencias en materia  de seguridad de presas, embalses y balsas, que mediante el RD 9/2008 , de 11 de enero, por el que se modifica el Reglamento del Dominio Público Hidráulico,  han sido delegadas a las comunidades autónomas. En base a ello,  gestiona y mantiene el Registro de Seguridad de Presas, embalses  y balsas de ámbito autonómico, donde quedan inscritas aquellas infraestructuras que, por sus características geométricas o de capacidad, tengan asociado un cierto grado de riesgo en caso de rotura o funcionamiento incorrecto.
 

La participación en la planificación, ordenación y protección de los recursos hídricos.
 

La propuesta, para su nombramiento por el Consejo de Gobierno, de representantes en los órganos de la Administración hidráulica del Estado.
 

La solicitud de autorizaciones, concesiones y reservas de recursos, que reconozca la legislación de aguas.
 

La emisión de informes en procedimientos de cesión de derechos de uso de aguas según la Ley de Aguas y la elaboración de informes de concertación interadministrativa.
 

La coordinación de informes técnicos relacionados con los recursos hídricos de la Comunidad Autónoma.
 

La inspección y control de los servicios de abastecimiento, saneamiento y depuración, competencia de la Comunidad Autónoma.
 

El fomento de las actividades públicas y privadas destinadas a un uso más racional de los recursos hídricos.
 

Cualquier otra función que se le pueda atribuir o que le corresponda en virtud del ordenamiento jurídico.