La Secretaría General ejercerá las siguientes funciones:
 
a) Dirección y supervisión de las unidades administrativas dependientes de la misma.
b) Jefatura de personal de la Consejería, así como la gestión y administración de sus recursos humanos y, específicamente, el nombramiento y cese del personal interino, la rescisión y aceptación de renuncias de contratos laborales de duración temporal, así como las propuestas a la consejería competente en la materia de las relaciones de puestos de trabajo y propuestas de provisión de los mismos y, en su caso, la concesión de gratificaciones extraordinarias y asignación del complemento de productividad.
c) Estudio, informe y preparación de los expedientes propuestos por los órganos de la Consejería para su elevación al Consejo de Gobierno.
d) Elaboración y tramitación de los proyectos de normas de carácter general y la supervisión de las normas específicas de los restantes órganos de la Consejería, y su remisión al Diario Oficial de Castilla-La Mancha, una vez aprobadas, así como la inserción en el Diario Oficial de Castilla-La Mancha de las disposiciones, actos y anuncios cuya publicación le corresponda ordenar, según lo dispuesto en la normativa vigente.
e) Asesoramiento jurídico de los órganos de la Consejería, la formulación de propuestas de resolución de los recursos administrativos interpuestos contra los actos de aquélla, la tramitación y resolución de las reclamaciones de responsabilidad patrimonial y de revisión de oficio, la llevanza de las relaciones con el Gabinete Jurídico de la Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha y el seguimiento de resoluciones y sentencias de los órganos del poder judicial.
f) Preparación, bajo la dirección del titular de la Consejería, del anteproyecto de presupuestos y de los proyectos de reforma organizativa, desconcentración de funciones y modificación de la relación de puestos de trabajo.
g) Seguimiento de la ejecución de los créditos presupuestarios y de la tramitación de sus modificaciones. Dirección de la contabilidad y demás actuaciones de control financiero y la gestión y ejecución de los programas presupuestarios asignados.
h) Dirección y supervisión de la contratación administrativa. Gestión del patrimonio e inventario, así como, la gestión del patrimonio procedente de las Cámaras Agrarias.
i) Régimen interior de la Consejería.
j) Dirección ordinaria y la coordinación, bajo la superior autoridad de la persona titular de la Consejería, del Organismo pagador de las ayudas del Feaga y del Feader.
k) Contabilidad de las intervenciones y ayudas financiadas con cargo al Feaga y al Feader.
l) Dirección, en coordinación con el órgano competente, de la ordenación de las telecomunicaciones y las tecnologías de la información, y de las políticas de informática propias de la Consejería, así como, el impulso de las mejoras organizativas.
m) Coordinación y seguimiento de las actuaciones de la Consejería financiadas con cargo a los fondos estructurales u otros procedentes de la Unión Europea.
n) Seguimiento de las relaciones de la Consejería con los organismos de la Unión Europea y de la Administración General del Estado, cuando los temas a tratar afecten a varias direcciones generales.
ñ) Programación, dirección y coordinación de estudios sectoriales, informes de coyuntura y análisis de evolución y previsiones sectoriales.
o) Elaboración de estadísticas regionales que sean competencia de la Consejería y no estén atribuidas a otras direcciones generales.
p) El Archivo de oficina.
q) Normalización, racionalización, coordinación y simplificación de los procedimientos administrativos de la Consejería. Las medidas de acercamiento de la Administración al ciudadano, así como el desarrollo de la administración electrónica en el ámbito de los diferentes procedimientos de la Consejería y sus unidades provinciales y comarcales.
r) Dirección de la Oficina Supervisora de los Proyectos, la realización de la cartografía temática de la Consejería y el mantenimiento de un sistema de información geográfica que preste sus servicios a todas las direcciones generales de la Consejería, y que esté en coordinación con el organismo responsable de la coordinación de las tareas en materia de información geográfica de la Junta de Comunidades.
s) Realización de inventarios, seguimiento, investigación, y elaboración de informes de situación del ámbito de la Secretaría.
t) Coordinación de las actuaciones necesarias en relación con el Consejo Asesor Agrario.
u) Mantenimiento y explotación del sistema de identificación de parcelas Sigpac.
v) Controles sobre el terreno de las ayudas por superficies del Organismo pagador.
w) Mantenimiento y la explotación de los registros dependientes de la Consejería, en coordinación con las direcciones generales competentes.
x) Ejercerá las funciones de Organismo intermedio de certificación y de gestión de las ayudas asociadas Fondo Europeo del Mar y de la Pesca (FEMP) y del Fondo Europeo Marítimo, de Pesca y Acuicultura (Fempa).
y) Cualquier otra competencia atribuida a la Consejería que no esté asignada a ningún otro órgano directivo de la misma, salvo que por identidad jurídica con la materia corresponda a alguno de éstos.