La Dirección General de Producción Agroalimentaria y Cooperativas ejercerá las siguientes funciones:
 
a) Ordenación, orientación y defensa de las figuras de calidad y otras indicaciones sobre características específicas de productos agroalimentarios, incluida la Marca garantía de Castilla-La Mancha.
b) Fomento del cooperativismo de producción, transformación y comercialización de productos agroalimentarios y de la integración cooperativa.
c) Promoción de los productos agroalimentarios de Castilla-La Mancha, y en particular el fomento y promoción de los productos avalados por las figuras de calidad.
d) Fomento y promoción de los productos agroalimentarios regionales a través de los establecimientos de hostelería y entidades de fomento de la gastronomía regional, con el objetivo de acercar y dar a conocer estos productos a las personas consumidoras.
e) Gestión de las medidas para mejorar el funcionamiento e información de la cadena alimentaria, incluida la distribución.
f) Planificación estratégica del sector vinícola.
g) Planificación estratégica de la producción ecológica.
h) Autoridad competente en las siguientes materias: control oficial de la calidad alimentaria, de la producción ecológica, del etiquetado facultativo de productos alimenticios o alimentos y en el control oficial antes de la comercialización de las denominaciones de origen protegidas, de las indicaciones geográficas protegidas y de las especialidades tradicionales garantizadas.
i) Gestión y resolución de las siguientes ayudas comunitarias financiadas con cargo al Feaga: Ayuda para la distribución en los centros escolares de frutas y hortalizas y de leche y productos lácteos; Programas operativos de frutas y hortalizas; dentro del Programa de apoyo al sector vitivinícola (Pasve) y de la Intervención Sectorial del Vino,las ayudas a las medidas e intervenciones de promoción del vino en terceros países, inversiones y destilación de subproductos; y todas las que puedan ponerse en marcha para las industrias y mercados agroalimentarios.
j) Gestión y resolución de las ayudas a favor de la competitividad del sector agroalimentario, cofinanciadas con el Feader y correspondientes a las siguientes medidas e intervenciones: Inversiones en transformación, comercialización y desarrollo de productos agroalimentarios; Apoyo a la producción y comercialización de productos de calidad diferenciada; Cooperación para la realización de proyectos piloto y para el desarrollo de nuevos productos, prácticas, procesos y tecnologías en el sector agroalimentario; Cooperación para el desarrollo de canales cortos de comercialización; Agrupaciones de productores agroalimentarios.
k) Gestión y resolución de las ayudas a las inversiones en transformación y comercialización de productos de la pesca y la acuicultura con cargo al Fondo Europeo del Mar y de la Pesca (FEMP) y del Fondo Europeo Marítimo, de Pesca y Acuicultura (Fempa).
l) Gestión de las medidas de intervención de mercados agroalimentarios. m) Autorización y supervisión de las entidades de control de productos agroalimentarios. Relaciones con los organismos de acreditación y normalización.
n) Reconocimiento y supervisión de las organizaciones de productores, así como de las organizaciones interprofesionales agroalimentarias. Tramitación de expedientes de extensión de norma.
ñ) Reconocimiento y supervisión de las Entidades Asociativas Prioritarias de Interés Regional (Eapir).
o) Aplicación del sistema comunitario de clasificación de canales ganaderas.
p) La gestión de los registros relacionados con las competencias de esta Dirección General.
q) Estudio y elaboración de anteproyectos normativos dentro del ámbito de su competencia, en coordinación con la Secretaría General.
r) Cualquier otra que en un futuro pueda atribuirse a la Comunidad Autónoma y que quede dentro del ámbito de actuación de esta Dirección General.