La Dirección General de Ordenación Agropecuaria ejercerá las siguientes funciones:
 
a) Ordenación, planificación, reforma y desarrollo de los sectores agrícolas y ganaderos y sus medios de producción.
b) Ordenación, fomento y orientación de formas de producción agraria compatibles y respetuosas con el medio ambiente.
c) Sanidad vegetal y control en materia de semillas y plantas de vivero, en coordinación con el órgano con competencias en política forestal, en el caso de semillas y plantas de especies forestales.
d) Sanidad animal, protección y bienestar de todas las especies animales, tanto domésticas, de producción como de compañía y, en coordinación con el órgano con competencias en materia de las especies salvajes, silvestres o cinegéticas.
e) Gestión de actuaciones relacionadas con el bienestar y protección de los animales de producción y domésticos.
f) Coordinación y aplicación de las normas referidas a los subproductos animales no destinados a consumo humano (Sandach), dentro del ámbito competencial de esta Consejería.
g) Planificación y ejecución de los programas de higiene y control de la producción primaria ganadera y agrícola, así como el ordenamiento y desarrollo de los sistemas de trazabilidad agropecuarios.
h) Mantenimiento y explotación del Registro de Explotaciones Agrarias.
i) Mantenimiento y gestión del Cuaderno de Explotaciones.
j) Administración de cuantos registros incidan en la ordenación y fomento de las producciones agrícolas, ganaderas y núcleos zoológicos, así como en sus medios de producción.
k) Promoción y fomento de los seguros agrarios, así como la tramitación, gestión y control de las ayudas que se establezcan con tal fin.
l) Estudio y evaluación de los ecosistemas agrarios y de los organismos modificados genéticamente. Autorización y registro de los laboratorios que trabajan con organismos modificados genéticamente, así como la utilización confinada y la liberación voluntaria de los mismos.
m) Estudio y elaboración de anteproyectos normativos dentro del ámbito de su competencia en coordinación con la Secretaría General.
n) Cualquier otra que en un futuro pueda atribuirse a la Comunidad Autónoma y quede dentro del ámbito de actuación de esta dirección General.