La persona titular de la Dirección General de Inclusión Educativa y Programas, bajo la dirección de la persona titular de la Viceconsejería de Educación, Universidades e Investigación, tiene encomendadas las siguientes funciones:
 
1. La programación de los proyectos de investigación e innovación educativa, en el ámbito de los programas y enseñanzas cuya gestión se le atribuye.
2. La planificación y gestión de los intercambios y estancias formativas del profesorado y del alumnado en materia de aprendizaje de idiomas.
3. La programación, ejecución y el seguimiento de las actuaciones que potencien el ejercicio de la inclusión educativa, la equidad y el bienestar socioemocional en los centros educativos.
4. La propuesta de elaboración de normas en materia de Orientación Educativa, Académica y Profesional, así como la coordinación y seguimiento de las mismas.
5. La coordinación de medidas destinadas a prevenir el absentismo escolar y el abandono temprano del Sistema Educativo, así como la implementación, la gestión y el seguimiento de actuaciones y programas destinados a estas finalidades.
6. El desarrollo de actuaciones de sensibilización, formación e implicación de la comunidad educativa en materia de convivencia escolar.
7. El diseño, implementación y seguimiento de actuaciones destinadas a la prevención del acoso escolar, del ciberacoso y otras formas de acoso que pudieran darse el ámbito educativo.
8. El diseño de medidas y actuaciones destinadas a la promoción de la igualdad de género, la coeducación y la prevención de la violencia de género en el ámbito educativo, así como las acciones de investigación e innovación educativa, destinadas a ese mismo fin. La gestión y el seguimiento de los programas orientados a la mejora del rendimiento escolar y del éxito educativo, de apoyo y refuerzo al alumnado, de prevención del abandono escolar y otros programas sobre educación no universitaria.
9. El impulso y la gestión de las actividades relacionadas con el Plan de Lectura.
10. El desarrollo y la gestión de programas orientados la mejora de la competencia lingüística del alumnado de régimen general y de régimen especial, así como del profesorado.
11. La gestión de los Programas Europeos relacionados con las enseñanzas no universitarias.
12. La gestión y aplicación en el ámbito territorial de Castilla-La Mancha de los Programas Internacionales relacionados con las enseñanzas no universitarias.
13. La regulación de la acreditación del nivel de competencia lingüística del profesorado.
14. Cuantas funciones le sean encomendadas por la normativa vigente.