1. La persona titular de la Dirección General de Universidades, Investigación e Innovación, bajo la dirección de la persona titular de la Viceconsejería de Educación, Universidades e Investigación, tiene encomendadas las siguientes funciones:
 
a) La gestión de la participación de la Consejería en las relaciones ministeriales referidas a política universitaria, investigación e innovación, así como en los Consejos Sociales de las Universidades Públicas radicadas en CastillaLa Mancha.
b) La dirección, ordenación, gestión y supervisión de la política en materia universitaria, dentro del ámbito competencial de la Consejería y con respeto a la autonomía universitaria.
c) La gestión de las propuestas de creación, modificación y supresión, de Facultades, Escuelas e Institutos Universitarios de Investigación u otras estructuras universitarias, así como de las titulaciones que impartan, conforme ́ a la vigente legislación.
d) La elaboración en materia universitaria de las propuestas de subvención y transferencias, la planificación y el seguimiento de las inversiones, la propuesta de precios públicos y tasas, la emisión de informes sobre los costes del personal para las universidades y otros centros de enseñanza superior, exceptuadas las enseñanzas superiores no universitarias.
e) La coordinación de actuaciones respecto de las Pruebas de Acceso a los Estudios de Grado y de las actuaciones conjuntas en materia de enseñanzas superiores no universitarias.
f) Planificación y ejecución de los programas de becas y ayudas al estudio de la competencia de la Comunidad Autónoma, relacionadas con estudios universitarios y la elaboración de las propuestas de precios públicos conducentes a la obtención de títulos oficiales y las propuestas de los costes del personal docente e investigador, así como de administración y servicios de las universidades de la región.
g) Fijar las políticas generales de I+D+i y los programas de ayudas e incentivos a la I+D+i, incluyendo el fomento y promoción de infraestructuras y servicios de apoyo a la investigación, desarrollo e innovación pública y privada.
h) Determinar el diseño, gestión, seguimiento y evaluación de los planes o estrategias regionales de investigación e innovación.
i) Coordinar y fijar las políticas de promoción de los organismos públicos de investigación y centros tecnológicos de la región.
j) La elaboración de estadísticas sobre las materias propias de su competencia.
k) Cuantas funciones le sean encomendadas por la normativa vigente
 
2. De conformidad con su norma de creación, la Agencia de Investigación e Innovación de Castilla-La Mancha, queda adscrita a la Consejería a través de la Dirección General de Universidades e Investigación. Así mismo, quedan adscritas a la Consejería, a través de la Dirección General de Universidades, Investigación e Innovación, la Fundación Parque Científico y Tecnológico de Castilla-La Mancha y la Fundación Centro Tecnológico del Metal de Castilla-La Mancha.