La Secretaría General desarrolla las funciones de asesoramiento, estudio y coordinación en la Agencia y se encarga de la gestión de los servicios comunes de la misma. En particular, le corresponden, las siguientes funciones:

a) El asesoramiento jurídico y las propuestas de desarrollo normativo de la Agencia.

b) La preparación de los asuntos propuestos para su elevación al Consejo de Gobierno.

c) La organización, planificación, coordinación, inspección, control y optimización de los servicios.

d) La asistencia administrativa y técnica cuando por su naturaleza o materia no esté expresamente atribuida a otros órganos.

e) La elaboración de las propuestas de gasto y las estimaciones de ingresos del presupuesto anual de la Agencia y la gestión de los programas presupuestarios asignados, así como la tramitación de sus modificaciones y la ejecución presupuestaria y el seguimiento de esta.

f) La programación y gestión de la contratación de la Agencia, así como la tramitación de encargos a medios propios.

g) La gestión e inspección del personal de la Agencia.

h) La organización y funcionamiento de los servicios de régimen interior y registro general.

i) La gestión, administración y explotación de los bienes y derechos del patrimonio de la Comunidad Autónoma adscritos a la Agencia.

j) El seguimiento de resoluciones y sentencias y su remisión a los órganos directivos competentes para la ejecución de estas.

k) La iniciación, tramitación y propuesta de resolución de los procedimientos de revisión de oficio, responsabilidad patrimonial, y recursos administrativos.

l) Ordenar, según lo dispuesto en la normativa vigente, la publicación e inserción en el Diario Oficial de Castilla-La Mancha de las disposiciones, actos y anuncios remitidas para su publicación por los órganos de la Agencia.

m) La gestión y coordinación en materia de igualdad de género, transparencia, participación y simplificación de procedimientos en el ámbito de la Agencia.

n) Cuantas funciones no se encomienden específicamente a otros órganos directivos de la Agencia.